Святыни Храма Святого благоверного князя Александра Невского
В ноябре 2013 года в Храме завершилась работа по установлению иконостаса и реконструкции храма.
Главная святыня храма − икона Святого Благоверного князя Александра Невского с частицей святых мощей. Икона написана томским иконописцем Георгием Родионовым, учеником известного иконописца архимандрита Зенона. Частица мощей, ныне прикрепленная к специально написанной иконе, была преподнесена в дар Томской Духовной Семинарии Святейшим Патриархом Алексием II и передана Храму в престольный праздник 6 декабря 1997 года епископом Томским и Асиновским Аркадием (Афониным). Прихожане с особым благоговением совершают молитву перед иконой святого князя, который во время совей земной жизни неоднократно предпринимал дальние путешествия в Орду и ныне пребывает частицей своих святых мощей в Сибири.
Важная святыня храма − икона Святителя Василия Великого с частицей святых мощей. Икона написана томским иконописцем Георгием Родионовым, учеником известного иконописца архимандрита Зенона. В 2001 году частица святых мощей была преподнесена в дар Храму игуменом Сергием (Безруких), родным братом настоятеля протоиерея Олега Безруких. Икона с мощами великого церковного Учителя и Святителя была воспринята как знак благоволения и милости Божией к возрожденной Томской духовной школе и семинарскому храму.
Икона Святителя Дмитрия Ростовского с частицей святых мощей. Частицу святых мощей в 2002 году преподнес в дар храму епископ Томский и Асиновский Ростислав. В праздник Обретения мощей святого Дмитрия Ростовского 21 сентября / 4 октября 1858 года была открыта Томская Духовная Семинария, которая всегда чтила святителя Дмитрия как своего небесного покровителя. День памяти святого является Актовым днем семинарии. К святому Дмитрию Ростовскому с особой любовью обращаются семинаристы, ученики воскресной школы, верующие студенты томских вузов.
Икона Святых Царственных Страстотерпцев привезена в июле 2013 года по благословению архимандрита Пимена, наместника монастыря Святых Царственных Страстотерпцев на Ганиной яме, и митрополита Томского и Асиновского Ростислава из Екатеринбурга с крестного хода настоятелем Храма иереем Сергием Никаноровым.
Среди переданных Храму при его открытии икон есть немало таких, которые имеют историческую и художественную ценность:
Икона Нерукотворного Образа господа Иисуса Христа
Икона священномученика Константина Богородского с частицей святых мощей
Черниговская икона Божией Матери
Боголюбская икона Божией Матери
Икона Успения Пресвятой Богородицы
(3398)